NF sincronizada não traz alíquota de ISS quando impressa

Problema:
Cliente sincronizou uma nota fiscal de serviço eletrônica no sistema, mas foi observado que na prefeitura consta alíquota de ISS 3% e no sistema não. Qual o motivo dessa divergência?

Solução:
O processo Sincronizar NFS-e é executado para informar/atualizar os campos:

-Numero NFS-e;
-RPS;
-Data de emissão;
-Data de Saída;
-Cod. Verificação.

Portanto, não trata valores como "Alíquotas ISS".

O ideal seria informar o imposto antes de sincroniza-la para que a alíquota seja impressa na nota. Então, se o cliente já emitiu a nota (e a prefeitura permitir) faça:

a) estorne a nota;
b) altere o percentual do ISS;
c) sincronize a nota."