Como faço para que o desconto reduza o valor total da nota de venda?

Existem duas opções:

1ª opção

Acesse Menu Iniciar > Opções > Geral > Parâmetros > Impostos > Incidência de valores na base de cálculo e marque a opção "Desconto", conforme mostra a figura abaixo:

2ª opção

Acesse Menu Iniciar > Nota Fiscal > Nota fiscal (emissão) > aba "Impostos e valores", preencha o valor do campo "Desconto" e clique sobre o processo "Ratear Desc. Desp. Entre". Com isso, o sistema irá ratear valor do desconto e das despesas (se houverem) entre as mercadorias.